Органы управления ГБУ «НПРЦ» — Правительство г. Москвы — Департамент труда и социальной защиты населения города Москвы (ДТСЗН) — Управление по социальной интеграции лиц с ограничениями жизнедеятельности
Начальник управления — Петров Алексей Евгеньевич
Руководство ГБУ «НПРЦ»:
Директор ГБУ «НПРЦ» — Сырникова Б.А.
Заместитель директора, курирующий финансово-хозяйственную деятельность ГБУ «НПРЦ» — Кобзарь И.З.,
Заместитель директора, курирующий административно-хозяйственные вопросы ГБУ «НПРЦ» – Назаренко А.Н.,
Заместитель директора, курирующий вопросы безопасности ГБУ «НПРЦ» — Кабисов В.И.,
Заместитель директора, курирующий общие вопросы ГБУ «НПРЦ» — Кулакова А.С.,
Заместитель директора, курирующий социальную реабилитацию ГБУ «НПРЦ» — Самонин В.Н.,
Заместитель директора, курирующий вопросы профессиональной реабилитации ГБУ «НПРЦ» – Келлер В.А.,
Заместитель директора, курирующий вопросы физкультурно-оздоровительной работы ГБУ «НПРЦ» – Мусаков Д.Ю.
Начальник управления организации социального обслуживания и предоставления реабилитационных услуг — Темиров Х.В.
Начальник управления материально-технического снабжения — Кварацхелия Г.,
Заведующий филиалом №1 ГБУ «НПРЦ» — Игнатова С.О.,
Заведующий филиалом №2 ГБУ «НПРЦ» — Стороженко Д.В.